Τα πρώτα χρόνια της ίδρυσης του νεότερου Ελληνικού Κράτους, και συγκεκριμένα το 1836, μεγάλη μερίδα του επιχειρηματικού κόσμου της Σύρου, θεωρώντας ότι οι επιχειρήσεις του νησιού είχαν ανάγκη την υποστήριξη των υπηρεσιών ενός αρμόδιου επαγγελματικού φορέα, ξεκίνησαν τις σχετικές ενέργειες και διαδικασίες για την δημιουργία του.
Στις 22 Μαΐου 1836 εκδόθηκε το Βασιλικό Διάταγμα «Περί Συστάσεως Εμπορικών Επιμελητηρίων & Εμπορικής Εταιρίας», βάσει του οποίου ιδρύθηκαν τα πρώτα Επιμελητήρια του Ελληνικού Κράτους και συγκεκριμένα αυτά του Ναυπλίου, της Πάτρας και της Σύρου.
«΄Αρθρον 1. Εις τας πόλεις Ναυπλίου, Πατρών και Σύρας, όπου επί του παρόντος υπάρχουσιν εμποροδικεία, θέλουν συστηθή Εμπορικά Επιμελητήρια έως την 15 (27) Ιουνίου τ.ε. (Βασιλικό Διάταγμα «Περί Συστάσεως Εμπορικών Επιμελητηρίων & Εμπορικής Εταιρίας»,1836)...»
Ακολούθησε ο Νόμος 184/1914 «Περί συστάσεως Εμπορικών και Βιομηχανικών Επιμελητηρίων», ο οποίος προέβλεπε την ίδρυση Εμπορικών & Βιομηχανικών Επιμελητηρίων με τη μορφή Νομικών Προσώπων Δημοσίου Δικαίου στις πρωτεύουσες των νομών, με σκοπό την προστασία και προαγωγή των εμπορικών και βιομηχανικών συμφερόντων της εκάστοτε περιφέρειάς.
Χρειάστηκε να παρέλθουν εκατόν είκοσι χρόνια, για να εκδοθεί έτερο Βασιλικό Διατάγματο στις 14 Φεβρουαρίου 1955, βάσει του οποίου το Επιμελητήριο Σύρου μετονομάζεται σε «Εμπορικόν & Βιομηχανικόν Επιμελητήριον Κυκλάδων» με την προσδοκία να «αγκαλιάσει» τις επιχειρήσεις και των υπόλοιπων νησιών των Κυκλάδων.
Με την πάροδο των ετών και κατόπιν εκδόσεως αλλεπάλληλων Προεδρικών Διαταγμάτων και Νόμων, επικράτησε η επωνυμία «Επιμελητήριο Κυκλάδων». Η λειτουργία του διέπεται από το Νόμο 2081/1992 (ο οποίος αντικατέστησε τους αντιστοίχους νόμους Ν.1089/80 και Ν.1746/88). Ο παραπάνω νόμος προσέδωσε νέα και εκσυγχρονισμένη πνοή στον Επιμελητηριακό θεσμό, παρέχοντας του Διοικητική και Διαχειριστική αυτοτέλεια.
Πρόσφατα, η έκδοση του Ν. 3419/2005 «Γενικό Εμπορικό Μητρώο (Γ.Ε.ΜΗ.) & Εκσυγχρονισμός της Επιμελητηριακής Νομοθεσίας» τροποποιεί το Ν.2081/1992, διευρύνοντας και εμπλουτίζοντας το σκοπό των Επιμελητηρίων.
Το Επιμελητήριο Κυκλάδων είναι υποχρεωτική, αυτοτελής και ανεξάρτητη ένωση φυσικών και νομικών προσώπων τα οποία ασκούν εμπορική δραστηριότητα στην περιφέρεια του νομού Κυκλάδων και είναι Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου, επί του οποίου ο Γενικός Γραμματέας της Περιφέρειας Ν. Αιγαίου ασκεί κατασταλτική διαχειριστική εποπτεία ως προς τη νομιμότητα των πράξεών του.
Σκοπός του Επιμελητηρίου, μέσα στα όρια της περιφέρειάς του, είναι η προστασία και η ανάπτυξη του εμπορίου, της βιομηχανίας, της βιοτεχνίας, των επαγγελμάτων, του τομέα παροχής υπηρεσιών και των εξαγωγών, σύμφωνα με τα συμφέροντα και τους στόχους της εθνικής οικονομίας για την ανάπτυξη και την πρόοδο αυτής.
Επίσης η παροχή προς την Πολιτεία γνωμοδοτικών εισηγήσεων για κάθε οικονομικό θέμα, περιλαμβανομένων και των σχετικών νομοσχεδίων, με γνώμονα πάντοτε την οικονομική ανάπτυξη της περιφέρειάς του και την εξυπηρέτηση του γενικότερου συμφέροντος της εθνικής οικονομίας. Τέλος, διασφαλίζεται η παροχή στα μέλη του και σε κάθε ενδιαφερόμενο, γνωμοδοτικών εισηγήσεων και πληροφοριών οικονομικής φύσεως.